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當(dāng)條帶所示的實際大小同理論有偏差時，可能由以下一些原因?qū)е拢旱鞍装l(fā)生如磷酸化、糖基化等翻譯后修飾時條帶會上移，蛋白發(fā)生剪切（如前體）時條帶會下移，蛋白存在不同的可變剪切體或亞型，強(qiáng)相互作用大分子存在時變性不徹底。
此外，WB實驗中使用的預(yù)染蛋白marker由于攜帶染料程度不穩(wěn)定的原因，也可能導(dǎo)致表觀分子量與理論預(yù)期出現(xiàn)偏差。