一：雙向電泳法

原理：雙向電泳一次可以從細胞、組織或其它生物樣本中分離上千種蛋白質，凝膠上的斑點都對應著樣品中的蛋白質，且各種蛋白質的等電點，分子量和含量的信息都能通過質譜鑒定和軟件分析獲得。因此其在蛋白質組分析、疾病標志物檢測、細胞差異分析、藥物開發(fā)、癌癥研究等領域都得到了廣泛的應用。

優(yōu)點：

（1）經典方法、應用范圍廣、適用于各類材料；

（2）經濟實惠，可大規(guī)模多個樣本篩選和分析。

二：雙向熒光差異凝膠電泳（DIGE）法

原理：DIGE — 雙向熒光差異凝膠電泳，利用熒光染料（Cy2, Cy3, Cy5）能與蛋白質賴氨酸的氨基反應而使蛋白質被標記，標記后蛋白質的等電點和分子量基本不受影響，等量混合標記好的蛋白質后進行雙向電泳，蛋白質表達量的變化則通過不同熒光的強度來體現。

優(yōu)點：

（1）高效性，同一塊凝膠上可以電泳兩個樣品，減輕了工作量；

（2）與常規(guī)銀染相比靈敏度更高；

（3）檢測動態(tài)范圍更大；

（4）定量精確, 采用內標而消除了膠與膠之間的實驗誤差；

（5）統計學分析，ImageMaster7.0（DIGE）軟件可以得到統計學可信的結果，降低了操作者之間的偏差。

三：化學標記法—iTRAQ定量方法

原理：iTRAQ試劑是可與氨基酸末端氨基及賴氨酸側鏈氨基連接的胺標記同重元素。在質譜圖中，任何一種iTRAQ試劑標記不同樣本中的同一蛋白質表現為相同的質荷比。 在串聯質譜中，信號離子表現為不同質荷比(113-119，121)的峰，因此根據波峰的高度及面積，可以鑒定出蛋白質和分析出同一蛋白質不同處理的定量信息。

優(yōu)點：

（1）靈敏度高，檢測限低，可檢測出低豐度蛋白；

（2）分離能力強,分析范圍廣,iTRAQ可以對任何類型的蛋白質進行鑒定，包括高分子量蛋白質、酸性蛋白和堿性蛋白，膜蛋白和不溶性蛋 白；

（3）高通量：同時對8個樣本進行分析，提高了實驗通量，可同時對多個時間點或不同處理的蛋白質進行分析；

（4）結果可靠：定性與定量分析結果更加可靠；

（5）自動化程度高：液相與質譜連用，自動化操作，分析速度快，分離效果好。

四：化學標記法—ICAT法

原理：ICAT試劑結構，包括3個部分，SH反應集團， biotin標簽，同位素臂，試劑具有兩種形式：重型（含8個氘）和輕型（不含氘），來源不同處理的蛋白質分別用重型ICAT試劑和輕型ICAT試劑標記，標記后等量混合，胰蛋白酶酶切，親和純化得到ICAT標記的多肽，質譜分析，依據MS質譜峰圖強度進行定量，MS/MS鑒定肽段。

優(yōu)點：

（1）它不能用于標記不含半胱氨酸或半胱氨酸含量低的蛋白質；

（2）ICAT分子量相對較大（約500Da），與蛋白質連接后可能會造成分子的空間位阻；

（3）ICAT分子量相對較大（約500Da），由于在MS分析中標簽仍保留在每個肽上，使得在碰撞誘導解吸（CID)條件下，很容易被片段化，那么標簽特異化的片段離子就會使串聯質譜分析標記肽段的過程復雜化；

（4）ICAT分子量相對較大（約500Da），這對小肽而言是一個較大的修飾物，會增加數據庫搜索的復雜性；

（5）標記時通常需要延長時間來保證ICAT與蛋白質充分結合，這可能會造成賴氨酸、組氨酸、色氨酸、酪氨酸發(fā)生氨基酸局部衍化。

五：代謝標記法—15N標記法

原理：在培養(yǎng)基中添加15N，細胞經過若干代培養(yǎng)后，蛋白質將完全被同位素標記，等量混合標記與沒有標記同位素的樣本、液相色譜和SDS-PAGE分離，質譜鑒定和定量。根據質譜譜圖中成對峰的面積之比可判斷出同一肽段在不同樣品中的含量變化，根據二級譜圖對肽段進行序列測定從而鑒定蛋白質。

優(yōu)點：

（1）高效性：15N標記法是體內標記技術，標記效率可高達95%；

（2）重現性：降低由于樣品制備不同而造成的實驗內差異；

（3）靈活性：在培養(yǎng)基中添加同位素標記15N ，操作方便。

六：代謝標記法—SILAC法

原理：SILAC即細胞培養(yǎng)條件下穩(wěn)定同位素標記技術(Stable isotope labeling with amino acids in cell culture，SILAC)，其基本原理是在細胞培養(yǎng)時，采用含有輕、中、重同位素型必需氨基酸的培養(yǎng)基進行細胞培養(yǎng)，用于SILAC主要的穩(wěn)定同位素氨基酸是Lys和Arg, 細胞在傳代培養(yǎng)過程中同位素氨基酸將被細胞用于合成蛋白質，細胞經傳代培養(yǎng)5-6代后，細胞的所有蛋白質將被同位素標記，等量混合標記的蛋白質后經過SDS-PAGE分離和質譜分析，通過比較一級質譜圖中三個同位素型肽段的面積大小進行相對定量，同時二級譜圖對肽段進行序列測定從而鑒定蛋白質。

優(yōu)點：

（1）高效性：SILAC是體內標記技術，標記效率可高達100%；

（2）定量精確：線性范圍廣，降低由于樣品制備不同而造成的實驗內差異；

（3）高通量、靈敏度高：可同時鑒定并定量數百至數千種蛋白質，且檢可測測到納克級水平；

（4）相容性：可以對多種在DMEM或RPMI 1640培養(yǎng)基中能夠培養(yǎng)的細胞或細菌中表達的蛋白進行標記；

（5）靈活性：在缺乏L-賴氨酸和L-精氨酸的培養(yǎng)基中添加同位素標記的這兩種氨基酸，操作方便。